Sejarah awal IAIN Palangka Raya dimulai dari sebuah lembaga bernama Fakultas Tarbiyah Al-Jami’ah Palangka Raya yang diresmikan Rektor IAIN Antasari Banjarmasin, H. Mastur Jahri, MA pada tahun 1972. Fakultas ini didirikan sebagai upaya memenuhi kebutuhan tenaga guru Agama Islam di Kalimantan Tengah. Pada tanggal 13 Nopember 1975 Fakultas ini memperoleh status terdaftar berdasarkan surat keputusan Dirjen Binbaga Islam Depag RI Nomor: Kep/D.V218/1975

Pada periode 1975-1980, Fakultas Tarbiyah Al-Jami’ah Palangka Raya belum mengalami kemajuan yang berarti. Ketika itu jumlah mahasiswa yang mampu menyelesaikan studi hanya 6 orang pada jenjang sarjana muda. Kemudian pada tahun 1985, Fakultas Tarbiyah Al-Jami’ah Palangka Raya bergabung dalam Badan Kerja Sama Perguruan Tinggi Agama Islam Swasta (BKS-PTAIS) se Indonesia. Berdasarkan surat BKS-PTAIS dengan Nomor: 008/104/0/BKS-PTAIS/1985 tertanggal 19 Januari 1985 Fakultas Tarbiyah Al-Jami’ah Palangka Raya secara resmi diterima menjadi anggota Kopertis IV Surabaya.

Selanjutnya, berdasarkan Surat Keputusan Presiden RI Nomor 9 tahun 1988 dan Keputusan Menteri Agama RI tertanggal 9 Juli 1988, Fakultas Tarbiyah Al-Jami’ah Palangka Raya menjadi Fakultas Tarbiyah Negeri yang merupakan bagian dari Fakultas Tarbiyah IAIN Antasari Banjarmasin. Kemudian untuk lebih mengembangkan lembaga pendidikan Islam ini, berdasarkan Keputusan Presiden RI Nomor 11 tahun 1997 serta Keputusan Menteri Agama RI Nomor 301 tahun 1997, Fakultas Tarbiyah IAIN Antasari Palangka Raya berubah status menjadi Sekolah Tinggi Agama Islam Negeri (IAIN ) Palangka Raya. Perubahan status tersebut memberikan peluang lembaga untuk menerapkan manajemen sendiri, mengembangkan kelembagaan, jurusan dan program studi sesuai dengan kebutuhan dan perkembangan zaman.

Perubahan menjadi IAIN Palangka Raya ditandai dengan penandatanganan Peraturan Presiden Republik Indonesia Nomor 144 Tahun 2014 tentang Perubahan Status Sekolah Tinggi Agama Islam Negeri (IAIN ) Palangka Raya menjadi Institut Agama Islam Negeri Palangka Raya oleh Presiden Susilo Bambang Yudhoyono (2004-2014) pada Jum’at, 17 Oktober 2014 atau 3 hari sebelum peralihan kekuasaan, 20 Oktober 2014 kepada Presiden baru terpilih, Joko Widodo.

IAIN Palangka Raya berada di ibukota provinsi Kalimantan Tengah meliputi 15.356.495 Ha atau satu setengah kali (1,5X) lipat luas Pulau Jawa Propinsi ini juga menawarkan potensi ekonomi besar terpendam. Berada tepat diperlintasan darat seluruh propinsi di pulau Kalimantan, Propinsi ini terdiri atas 13 kabupaten dan 1 kota.

Propinsi Kalimantan Tengah merupakan daerah yang memiliki kemajemukan agama, suku dan kekhasan budaya yang unik. Penduduk yang bersuku Dayak mendominasi sebesar 50, 43% dari keseluruhan jumlah penduduk Kalimantan Tengah. Selain suku Dayak, ada suku-suku lain seperti Banjar, Jawa dan Melayu. Mayoritas penduduk Kalimantan Tengah beragama Islam (74,42%), kemudian Kristen (16,03%), Katolik (16,03%), Hindu (1,59%), dan Budha (0,11%). Walaupun terdapat berbagai agama dan suku bangsa, masing-masing bisa berdampingan secara damai dan hidup secara damai. Dalam kehidupan masyarakat lokal ada falsafah hidup “Huma Betang” atau “Rumah Panjang” yang yang menggambarkan toleransi kehidupan sesame antar umat beragama.

Mengingat mayoritas penduduk Kalimantan Tengah adalah muslim, maka IAIN Palangka Raya mempunyai peranan penting sebagai pusat kajian keislamaan, pencetak sarjana muslim, pemelihara nilai-nilai keislaman, dan pembawa cahaya pesan-pesan Islam bagi alumni yang nantinya tidak hanya menduduki posisi formal pemerintahan tetapi juga di posisi non formal seperti bidang pendidikan, politik, wirausaha, dakwa dan sebagainya. Institut Agama Islam Negeri Palangka Raya memiliki lahan seluas 573.678 m2 yang terdiri dari bangunan seluas 8.258 m2  dan tanah yang belum memiliki bahan bangunan seluas 565.412 m2 . Lokasi Institut Agama Islam Negeri Palangka Raya cukup strategis karena berdampingan Islamic Centre yang merupakan pusat pengembangan, penyiaran Islam dan wisata religius di Kalimantan Tengah. Sebagai sebuah perguran tinggi Islam, IAIN Palangka Raya berusaha terus mengembangkan diri dari sisi kualitas sumber daya manusia, sarana prasarana dan menjalin kerjasama dalam skala regional, nasional maupun internasional.